崇明县科技馆选址在崇明新城的科技文化中心，与崇明文化馆、图书馆、档案馆合建，建筑面积5000多平方米，其中，底楼和二楼为崇明县科技馆展区。目前科技馆正在建设过程中，预计2011年底开馆投入使用。

崇明县科技馆的主题定位是以科学发展观为指导，普及生态理念，展示生态案例，传播生态科技，引领健康生活方式，促进人与自然和谐发展，突出教育性，兼顾演示性和参与性。科技馆的对象定位是岛内居民、岛内外学生、岛外游客，尤其是岛内中小学生。

崇明县科技馆建成后将建立高效能的运作模式，向公众普及科学和技术知识、传播科学的思想和方法、倡导科学精神、宣传科学技术的成就及其作用，组织社会科技和教育力量，举办科普展览教育及相关活动，并创造公众主动参与的条件，培育公众对科学技术的兴趣，满足公众学习科学技术的需要，增强公众求知、探索和创造的能力和参与科学技术进步的意识，不断提高崇明公众科学文化素质。