根据《中共上海市委、上海市人民政府印发〈关于本市区县政府职能转变和机构改革的意见〉的通知》（沪委〔2014〕811号）精神和市编委同意备案的《崇明县人民政府职能转变和机构改革方案》的规定，设立崇明县农业委员会（现为上海市崇明区农业委员会）。上海市崇明区农业委员会作为区政府工作部门，挂中共上海市崇明区委农村工作办公室、上海市崇明区林业局牌子。
一、职能转变
（一）整合的职责
1.将中共上海市崇明区委农村工作办公室承担的推进农村改革、协调推进新农村建设等职责，划入上海市崇明区农业委员会。
2.将上海市崇明区经济委员会承担的畜禽屠宰行业规划定点、资质审核、行业统计等职责，划入上海市崇明区农业委员会。
3.将原上海市食品药品监督管理局崇明分局承担的畜禽屠宰环节质量安全监管职责，划入上海市崇明区农业委员会。
（二）增加的职责
1.食用菌菌种母种、原种《食用菌菌种生产经营许可证》审批。
2.横沙渔港安全监督。
（三）加强的职责
1.对本区农产品质量安全的监管。
2.推进村庄改造等新农村建设相关工作。
3.对兽医医政、药政的监管。
二、主要职责
（一）贯彻执行党和国家、本市关于农业、农村工作的法律、法规、规章和方针、政策；结合本区实际，研究编制本区农业、农村发展中长期规划和年度计划并组织实施。
（二）制定本区农业适度规模经营、农村合作经济组织、家庭农场、农民合作社、农业龙头企业、农业中介服务组织的发展规划；协调推进本区农业社会化服务体系和农产品加工体系建设与发展，促进农业行业协会发展；参与指导本区农业综合开发，协同推进农产品市场建设，促进农业产销一体化。
（三）负责全区种植业、林业和农村绿化、畜牧业和渔业管理；负责动植物防疫、检疫工作；承担畜禽屠宰监管职责，负责行业规划定点、资质审核、行业统计以及动物产品进入加工和流通环节前的质量安全监管；会同有关部门实施农产品的流通和加工管理。
（四）组织实施全区农业科技进步规划，负责指导、协调、推进农业技术攻关和农业技术推广工作；负责农业机械安全监理工作；负责农业信息服务工作。
（五）组织指导全区农业产业化和农业标准化工作；负责地产农产品的安全监管与监测，指导全区有机、绿色和无公害农产品的生产及农产品品牌认证等工作；负责农业重点项目的立项申报、指导和监管工作。
（六）收集和整理本区农业生产的各项信息，组织调查研究，提出农业发展、农业结构调整、农民增收的意见和建议。
（七）负责本区农业、林业、畜牧兽医、渔业等行政执法工作。
（八）指导推进本区农村集体经济组织产权制度改革；负责农村集体资产监督管理工作；负责农村集体资产财务管理和农民负担监督管理；参与农村集体资产流失案件的查处、产权纠调处纷。
（九）协调推进农村改革，加强农村各项制度建设；负责开展本区农村改革发展重大问题的调查研究，提出政策措施；牵头协调推进美丽乡村建设和农村村庄改造；协调推进农村综合帮扶工作；指导推进新型职业农民培育。
（十）制定农村村级组织政策等。
（十一）负责有关行政诉讼应诉工作。
（十二）承办区政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，上海市崇明区农业委员会设11个内设机构：
（一）办公室
（二）组织人事科
（三）计划财务科
（四）农业科
（五）蔬菜科
（六）林业科
（七）畜牧兽医管理办公室
（八）水产科
（九）综合发展科
（十）农村集体资产管理科
（十一）新农村建设科
